Su muerte ha sido anunciada por su esposa Alice en su web. Harnoncourt no fue sólo uno de los mejores especialistas de música antigua, sus conciertos y grabaciones con música del siglo XIX y  XX han sido también excelentes.
Nacido en Berlín en una familia de la nobleza autríaca, se formó como violonchelista en Viena y fue miembro de la Orquesta Sinfónica de Viena. Su matrimonio con la violinista Alice Hoffelner, especialista en violín barroco, lo llevó a fundar el Concertus Musicus de Viena. El éxito de este grupo apuntaló su decisión de dedicarse a la música del Barroco para convertirlo durante décadas en una figura clave de la recuperación de la música antigua y especialmente de Bach, junto a Gustav Leonhardt. Harnoncourt fue un músico inquieto, siendo pionero en la creación de agrupaciones específicas para la interpretación de música antigua, y convirtió en habitual que las principales orquestas ampliaran su repertorio hacia el pasado y lo hicieran además con unos criterios historicistas. Más adelante ampliaría sun repertorio con música de los siglos XIX y XX.
Se ha ido un grande de la música.